簡介：本系的前身為成立於民國 65 年的應用化學科，設置日間部五年制專科部，以訓練化粧品製造及分析技術能力的專業技術人才為主。民國 69 年分成農畜藥組及化粧品組，民國 71 年取消分組。民國 77 年增設夜間部二年制專科， 79 年二年制增收日間部學生。因應時變遷，及配合國家重點科技之發展，培育高等科技技術人才，於 85 年升格為應用化學系，招收二年制學生，並停招二年制專科。而本校在 82 年成立化粧品應用與管理系，故重新定位系的發展，為配合學校的四大發展理念「健康、關懷、卓越、精緻」以化學為根基，教授醫、藥專業知識為應用的重點方向，於 86 年起改名為醫藥化學系，在化學合成基石上，培育醫藥材料科技與分析技術人才。民國 87 起招收四年制大學部，並停招五年制專科部， 92 年起停招二技日間部， 98 年起停招四技進修部。目前招收學生為日間部二班，現計有日間部四年制 8 班、進修部四年制 3 班、進修部四年制在職專班 1 班，共 12 班，統計至 99 年 3 月 15 日 日間部學生 380 人、進修部學生 58 人。 本系以校訓「真實」為核心理念，訂定四個發展願景與運作機制： 發展目標： 本系發展目標為：在化學為本的基礎上培育醫藥製造、分析技術及生醫材料應用優秀技術人材。 以校訓「真實」為核心理念訂定四個發展願景與運作機制： （一）健康生活環境： 應用醫藥知識，以化學分析為健康把脈、開發新特用化學品與材料，改善並增進人類生活品質。 （二）關懷社會發展： 辦理學生參與社區的專業服務，讓學生從服務中學習，並建立關懷人格特質，在與社區活動的溝通互動過程中，潛移默化其品德修養，均衡品德與科技教育；承接勞委會委託化學技能術科檢，回饋社會服務。 （三）卓越專業素養： 鼓勵師生出席國內外研討會與進修研習，擴展系上教師、學生之視野與國際觀並藉此提升師、生本質學能。 （四）精緻實務技能： 推動專業認證，以學生取得化學相關證照為基本能力，為未來職場作規劃準備；開辦化學技能術科訓練課程，並輔導相關社會人士取得證照。 產業需求： 依據 民國 93 年 1 月 7 日行政院所核定：「中華民國科學技術白皮書 - 科技發展遠景與策略」的國家科學技術發展計畫策略四 - 加強技術創新、促進產業升級 - 前瞻材料與化學品技術部分，要建立我國上游材料及化工相關產業競爭力。另外在生物與生醫技術部分，著重於新藥開發、醫療器材及基因技術等。行政院 94 年 5 月 31 日修訂 - 挑戰 2008 國家發展重點計畫與 95 年 10 月 18 日行政院會議通過： 2015 年經濟發展願景等資料顯示，台灣屬島型經濟加上人口老化未來適合發展產業中，有傳統產業高附加價值化 - 特用化學品材料開發生產技術、兩兆雙星產業 - 生物技術製藥產業 -( 先進分析方法、合成化學與分子設計化學、藥物先導物（ drug leads ）之研發 ) 、綠色產業 ( 綠色資源再生利用及綠色能源 ) ，皆與本系課程規劃及研究發展方向不謀而合，是本系畢業生就業重點方向。