比較不同逆相分析管柱靜相對LC/MS之蛋白質胺基酸定序偵測結果的影響性

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Title:	比較不同逆相分析管柱靜相對LC/MS之蛋白質胺基酸定序偵測結果的影響性 The influence effect of the different types of reverse phase column stationary on the results of the protein sequence analysis of LC/ESI-MS
Authors:	方嘉德
Contributors:	藥學系
Date:	2005
Issue Date:	2008-05-29 14:34:35 (UTC+8)
Publisher:	台南縣：嘉南藥理科技大學藥學系
Abstract:	在本研究工作中探討了，不同管柱靜相類型對未配備有nanospray之LC/ESI-MS儀器的蛋白質胺基酸定序分析結果的影響，在其中，包括有使用不同碳鏈長度以及不同碳鏈交聯情況等各種層析靜相來加以比較。在實驗工作中，使用BSA作為標的蛋白質，而將含有BSA的電泳膠片斑點先行in-gel消化處理之後，再將消化後的胜肽產物(724 fmol)，進行LC/ESI-MS的蛋白質胺基酸定序偵測操作。在實驗中分別使用了C4、C8、C18等三種碳鏈長度類型，同時也比較了靜相碳鏈是分佈在單一平層(monomeric)和多平層(polymeric)等兩種交聯情況，所獲得的定序分析結果。因為消化後的胜肽鏈多在十個胺基酸以上，所以由層析分離與胜肽之資料庫搜尋比對結果發現到，當靜相碳鏈越短時，所辨識出的長胜肽鏈數目就越少，而和一般預期的結果相符合，亦即長靜相碳鏈者(C8以上)較適合使用來分離長鏈型胜肽。而在同樣都是C18碳鏈長度，但是採用不同交聯情況的比較上卻也發現到，雖然單一平層式的確有著稍微較快的平均滯留時間（34min vs. 37min），但是它的Protein coverage卻明顯低於多平層式所獲得的結果，平均為(8.0 ± 2.64)% vs.(12.3 ± 0.424)％。因此顯然對於未配備有nanospray之LC/ESI-MS儀器而言，使用多平層式靜相所帶來的分析結果之高Protein coverage值，足以弭補因為峰線之輕微遲滯現象，所帶來之操作時間的不便利性。
Relation:	計畫編號 : CNPH9406
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